bibtype K - Conference Paper (Czech conference)
ARLID 0332092
utime 20240111140728.5
mtime 20091126235959.9
title (primary) (eng) Using Matlab in quantitative analysis of yeast growth
specification
page_count 9 s.
media_type www
serial
ARLID cav_un_epca*0332091
ISBN 978-80-7080-733-0
title Technical Computing Prague 2009
page_num 1-9
publisher
place Praha
name Humusoft, s.r.o
year 2009
title (cze) Použití Matlabu pro kvantitativní analýzu růstu kvasinek
keyword image processing
keyword Petri dish
keyword Matlab
keyword image segmentation
author (primary)
ARLID cav_un_auth*0101190
name1 Schier
name2 Jan
institution UTIA-B
full_dept Department of Image Processing
fullinstit Ústav teorie informace a automatizace AV ČR, v. v. i.
author
ARLID cav_un_auth*0101136
name1 Kovář
name2 Bohumil
institution UTIA-B
fullinstit Ústav teorie informace a automatizace AV ČR, v. v. i.
source
source_type pdf
url http://library.utia.cas.cz/separaty/2009/ZS/schier-using matlab in quantitative analysis of yeast growth.pdf
cas_special
project
project_id 1M0567
agency GA MŠk
country CZ
ARLID cav_un_auth*0202350
research CEZ:AV0Z10750506
abstract (eng) Quantitative growth analysis is used in microbiology, genetics and medical re- search to determine the in uence of the tested substance on the growth of colonies of some organism (we focus on yeast colonies in this paper). Examples of the tested substance include antibiotics, mutagens or medical drugs. To evaluate the experiment, time series of images of the colonies inoculated on Petri dishes are taken by digital camera in a darkroom. Then, relative area and the number of the colonies in each image have to be determined for further statistical processing. In the current laboratory practice, these parameters have often been hand-counted in each image, which is an error-prone process of a limited precision. Also, given the time demands of this hand-counting, the number of snapshots that can reasonably be processed is rather limited. In this paper, we introduce a Matlab-based tool for semi-automated processing of the dish images.
abstract (cze) Kvantitativní analýza růstu se používá v mikrobiologii, genetice a medicínském výzkumu pro určení vlivu testované látky na růst kolonií určitého organismu (v našem článku se zabýváme koloniemi kvasinek). Jako příklady testované látky lze uvést antibiotika, mutageny, nebo léčiva. Pro vyhodnocení experimentu jsou kolonie, naočkované na Petriho misky, snímány digitální kamerou v temné komoře. Pro každý snímek je poté třeba určit pro následné statistické vyhodnocení relativní plochu porostu a celkový počet kolonií. V současné laboratorní praxi jsou tyto parametry často získávány ručním počítáním, což je proces s omezenou přesností a vysokou chybovostí. Rovněž, s ohledem na časovou náročnost ručního počítání, je omezené množství snímků, které lze rozumně zpracovat. V našem článku popisujeme nástroj pro poloautomatické počítání snímků misek, vytvořený v programovacím jazyku Matlab.
action
ARLID cav_un_auth*0256087
name Technical Computing Prague 2009
place Praha
dates 19.11.2009
country CZ
reportyear 2010
RIV JC
permalink http://hdl.handle.net/11104/0177438
arlyear 2009
mrcbU56 pdf
mrcbU63 cav_un_epca*0332091 Technical Computing Prague 2009 978-80-7080-733-0 1 9 Praha Humusoft, s.r.o 2009